La FIIBAP tiene como finalidad promover la investigación y la innovación científico- técnica en el campo de la atención primaria de salud. Su finalidad es potenciar la calidad asistencial en los centros sanitarios dependientes del Servicio Madrileño de Salud. El fomento de la investigación, de la innovación, la difusión de la información y el establecimiento de políticas de promoción en la investigación y la innovación son competencias de la Dirección General Planificación, Investigación, y Formación que desarrolla a través de la Subdirección de Investigación Sanitaria.