Este centro orientado a la salud está integrado por el Instituto Cajal, CSIC, el Instituto de Química Orgánica General (IQOG-CSIC) y el Instituto de Química Médica (IQM-CSIC). Una vez que estos institutos se instalen definitivamente en el Campus de la Universidad de Alcalá, el CI2A estará integrado también por el Cajal International NeuroScience Center (CINC-CSIC).