El programa se imparte en la Escuela de Doctorado de la Universidad Carlos III de Madrid, ubicada en el Campus Politécnico de Leganés, y en la Escuela de Doctorado en c/ Madrid 126, edificio Carmen Martín Gaite, 28903 Getafe, Madrid. Ambos centros son responsables del programa.El programa de Doctorado en Ingeniería Matemática se basa en la conversión de un doctorado con Mención de Calidad y Mención hacia la Excelencia. Ofrece una educación flexible e interdisciplinar, con una sólida formación básica, y busca capacitar a los estudiantes para enfrentar problemas tecnológicos y científicos mediante herramientas matemáticas avanzadas. Destaca la cooperación con universidades nacionales e internacionales, la participación en cátedras de excelencia y la distinción de Campus de Excelencia Internacional.