El programa se imparte en varios centros: la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos, que es el centro responsable y cuenta con instalaciones como laboratorios, salas de cálculo científico, aulas equipadas, biblioteca especializada y recursos de computación avanzada; la Universidad Autónoma de Madrid, con instalaciones del Departamento de Química y del Instituto de Ciencias Matemáticas (ICMAT), que incluyen aulas de docencia, salas de reuniones y medios computacionales avanzados; la Universidad Rey Juan Carlos, con instalaciones del Departamento de Matemática Aplicada, como laboratorios de informática, salas de reuniones y servicios de apoyo a la investigación; el Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), con recursos avanzados como sistemas de supercomputación y acceso a bases de datos; y el Instituto de Sistemas Complejos de Valparaíso (ISCV), que ofrece aulas de trabajo, videoconferencias y acceso a servicios de investigación de las Universidades Federico Santa María y Adolfo Ibáñez.El Programa de Doctorado en Sistemas Complejos tiene como objetivo formar investigadores en un área multidisciplinar en auge, capacitando a los doctorandos en modelización y simulación computacional avanzada. Este programa, alineado con el Plan Nacional de I+D+i, es una continuación del Programa de Doctorado en Física de Sistemas Complejos, que obtuvo Mención hacia la Excelencia. Su enfoque abarca diversas áreas como Física, Matemática, Biología, Química, Ingeniería, Economía y Ciencias Sociales.