El programa se imparte en la Escuela de Doctorado de la Universidad de Alcalá, que es el centro responsable y está ubicado en la Universidad de Alcalá.El programa de doctorado en Ciencias de la Universidad de Alcalá fue aprobado en 2014 para cubrir la necesidad de estudios interdisciplinarios en áreas como Geología Ambiental, Matemáticas, Física, Micología y Geobotánica Ambiental. Responde a la demanda de formación avanzada en estudios ambientales que otros programas de doctorado en la Comunidad de Madrid no cubren. Además, se integra en la Escuela de Doctorado de la Universidad de Alcalá, creada en 2012, y cuenta con la experiencia docente y científica de los investigadores participantes.