El programa de doctorado se imparte en varios centros de la Universidad de Alcalá: la Escuela de Doctorado, ubicada en C/ Libreros 21, Alcalá de Henares, creada por Orden 11375/2012; la Facultad de Ciencias Económicas, Empresariales y Turismo, que ofrece despachos y seminarios colectivos para doctorandos; el Departamento de Economía y Dirección de Empresas, que cuenta con despacho equipado para dos doctorandos; y el Instituto de Análisis Económico y Social (IAES), que dispone de mesas de despacho y espacio adicional para becarios de investigación.El programa de doctorado en Economía y Gestión Empresarial de la Universidad de Alcalá reúne tres programas previos, con cerca de 90 doctores, tres líneas de investigación y proyectos competitivos. Colabora con institutos de investigación y el Centro Internacional de Formación Financiera (CIFF), aprovechando el entorno industrial del Corredor del Henares. Busca mejorar las tasas de graduación y reducir el abandono, alcanzando una eficiencia del 60% en la defensa de tesis en 10 años.