El programa se imparte en la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Madrid, que es el centro responsable y cuenta con instalaciones específicas. También se utiliza la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Complutense de Madrid como centro colaborador.El programa de Doctorado en Ecología se fundamenta en más de 30 años de experiencia conjunta entre la Universidad Autónoma de Madrid y la Universidad Complutense de Madrid. Está alineado con estrategias de investigación y desarrollo, destacando la atracción de talento, proyección internacional e investigación de calidad. La necesidad de doctores en Ecología es evidente en sectores medioambientales, académicos e investigativos.