El programa se imparte en la Escuela de Doctorado de la Universidad de Alcalá, que es el centro responsable, en la Escuela de Doctorado de la Universidad Complutense de Madrid, que participa en el Programa de Doctorado de Farmacia, y en la Escuela de Doctorado de la Universidad San Pablo CEU, que participa en el Programa de Doctorado en Ciencia y Tecnología de la Salud.El programa de doctorado en Química Médica fomenta la investigación interdisciplinaria y aplicada, colaborando con industrias farmacéuticas y grupos de investigación nacionales e internacionales. Promueve la formación de doctorandos en generación de conocimiento, transferencia al sector industrial y difusión de resultados mediante publicaciones, congresos y patentes. Además, incentiva la movilidad internacional y la obtención de financiación para los doctorandos.