El programa se imparte en la Escuela de Doctorado de la Universidad de Alcalá, que gestiona procesos como matrícula, defensa de tesis y obtención del título de doctor, y en la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud, que incluye líneas de investigación en Medicina Clínica, Medicina Traslacional, Farmacia Experimental y Clínica, y Promoción de la Salud.El Programa de Doctorado en Ciencias de la Salud de la Universidad de Alcalá se organiza en cuatro líneas de investigación principales y cuenta con investigadores experimentados en liderazgo, producción científica y dirección de tesis doctorales. Además, incluye colaboración internacional en cursos, seminarios y conferencias.