El programa se imparte en la Facultad de Ciencias y la Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Madrid, ambas ubicadas en Cantoblanco, Madrid, y responsables del programa. Además, colaboran el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBMSO) y el Centro Nacional de Biotecnología (CNB), ambos también en Cantoblanco, Madrid, donde participan grupos de investigación.El Programa de Doctorado en Microbiología tiene como objetivo formar investigadores altamente cualificados en áreas como salud, agroalimentación, biotecnología y gestión ambiental. La Universidad Autónoma de Madrid, con una destacada trayectoria en microbiología, busca responder a la demanda de profesionales capacitados para enfrentar retos científicos y tecnológicos, promoviendo la investigación de calidad y la inserción laboral en sectores estratégicos.