La Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Clínico San Carlos (FIBHCSC) será la encargada de la gestión de la investigación del Instituto. La Dirección de la FIBHCSC ostentará la responsabilidad de gestión. La FIBHCSC asumirá las funciones de gestión del Instituto, centradas principalmente en apoyar la actividad investigadora. Entre sus tareas se incluyen la difusión de convocatorias públicas y privadas, el asesoramiento técnico-administrativo para el desarrollo de proyectos, la gestión integral de la presentación, seguimiento, justificación y cierre de proyectos, así como la administración económica y financiera vinculada al Instituto. Por su parte, la Dirección será responsable de planificar, coordinar y evaluar la gestión de la investigación, la formación y el fomento de la actividad investigadora. También elaborará presupuestos e informes, gestionará infraestructuras, desarrollará la política de contratación de personal investigador y técnico, colaborará en la comunicación de las actividades del Instituto, facilitará la captación de recursos externos y ejecutará las decisiones adoptadas por los órganos de gobierno.