La Dirección Ejecutiva tiene como función principal garantizar el cumplimiento de los acuerdos del Patronato y de las instrucciones de su Presidente, así como gestionar las actividades y operaciones ordinarias de la Fundación. Entre sus responsabilidades se incluyen la elaboración y propuesta del presupuesto anual, la memoria de actividades, el balance, la cuenta de resultados y el inventario, además de la administración del patrimonio, la ordenación de pagos, la gestión de tesorería y la supervisión contable. Asimismo, la Dirección Ejecutiva se encarga de la contratación de bienes, servicios, obras y suministros dentro de los límites aprobados, informa trimestralmente al Patronato sobre la gestión realizada y desarrolla la política de personal de la Fundación. También propone el Plan de Investigación y sus programas, previa valoración de la Comisión Científica, mantiene las relaciones con los órganos directivos del centro sanitario y puede proponer la creación de grupos o comisiones de coordinación cuando sea necesario.