El Programa de Doctorado en Conservación de Recursos Naturales, creado en 2009 y adaptado al RD99/2011, tiene como objetivo formar investigadores en biodiversidad, geodiversidad y ecología aplicada, incluyendo restauración de ecosistemas. Destaca por su enfoque interdisciplinar y su contribución a las necesidades sociales en este ámbito. Obtuvo la Mención hacia la Excelencia en 2011, con una valoración de 95 puntos, destacando en rendimiento científico y movilidad de estudiantes.