El programa de doctorado busca integrar los departamentos de Ingeniería de Sistemas y Automática, Ingeniería Eléctrica y Tecnología Electrónica para ofrecer formación doctoral de calidad. Se centra en áreas como microelectrónica, optoelectrónica, robótica, energías renovables y redes eléctricas inteligentes, alineándose con el 7º Programa Marco de la Unión Europea, el Plan Nacional de I+D+i y las estrategias del Campus Carlos III dentro del Campus de Excelencia Internacional.