El programa de Doctorado en Ciencia y Tecnología Informática se adapta al Real Decreto 99/2011 y tiene antecedentes en el Programa de Doctorado en Ingeniería Informática iniciado en 1995. Busca formar investigadores altamente cualificados en Tecnologías Informáticas, alineándose con los objetivos estratégicos de la Universidad Carlos III de Madrid, una universidad pública.