El Programa de Doctorado en Sistemas Complejos tiene como objetivo formar investigadores en un área multidisciplinar en auge, capacitando a los doctorandos en modelización y simulación computacional avanzada. Este programa, alineado con el Plan Nacional de I+D+i, es una continuación del Programa de Doctorado en Física de Sistemas Complejos, que obtuvo Mención hacia la Excelencia. Su enfoque abarca diversas áreas como Física, Matemática, Biología, Química, Ingeniería, Economía y Ciencias Sociales.