El programa de doctorado está orientado hacia la ingeniería del medio natural, con énfasis en la ingeniería forestal. Su objetivo es formar investigadores en gestión sostenible y tecnologías ambientales, respondiendo a la alta demanda de expertos para enfrentar retos ambientales y ofrecer soluciones prácticas en diversos sectores. En los últimos cinco años, se han defendido 103 tesis doctorales en el centro.