El programa de doctorado se basa en la interdisciplinariedad del Departamento de Historia y Filosofía, resultado de la fusión de los Departamentos de Historia I y Filosofía e Historia II. Su objetivo es formar estudiantes en diversas especialidades de Historia, incluyendo Historia del pensamiento, Historia social de la cultura escrita y Historia del arte. Incluye cuatro líneas de investigación: Prehistoria y Arqueología, Historia antigua y medieval, Pensamiento y cultura escrita, e Identidad histórica y legado artístico en la España moderna y contemporánea. Responde a una demanda académica y social de más de dos décadas en la Universidad de Alcalá, atrayendo estudiantes locales e internacionales y fortaleciendo la investigación del profesorado.