El programa de Doctorado en Química Aplicada se adapta al RD 99/2011, reemplazando al Doctorado en Química: Ciencia Interdisciplinar. Forma investigadores en áreas como Ciencia de los Materiales, Nanociencia, sensores (bio)analíticos, catálisis aplicada, geoquímica y gestión ambiental. Promueve la internacionalización mediante estancias en centros extranjeros y la mención internacional al título de doctor.