El programa de doctorado combina cuatro programas anteriores y está regulado por el RD 99/2011. Cubre diversas áreas de Ciencias de la Tierra, con 7 equipos de investigación y 19 grupos validados. Desde 1999, se han defendido 149 tesis doctorales. Incluye convenios internacionales y nacionales, publicaciones en revistas de impacto y proyectos financiados por entidades públicas y privadas.