El programa de Doctorado en Ingeniería Matemática se basa en la conversión de un doctorado con Mención de Calidad y Mención hacia la Excelencia. Ofrece una educación flexible e interdisciplinar, con una sólida formación básica, y busca capacitar a los estudiantes para enfrentar problemas tecnológicos y científicos mediante herramientas matemáticas avanzadas. Destaca la cooperación con universidades nacionales e internacionales, la participación en cátedras de excelencia y la distinción de Campus de Excelencia Internacional.