El programa de doctorado tiene como objetivo formar investigadores en áreas como ingeniería del software, sistemas de información, inteligencia artificial y TICs aplicadas al aprendizaje. Se enfoca en la generación de conocimiento y contribuciones científicas de calidad, alineándose con los planes nacionales de investigación científica y destacando la relevancia de la Sociedad de la Información y del Conocimiento. Está avalado por la Mención hacia la Excelencia otorgada por el Ministerio de Educación en los cursos 2011-2012 a 2013-2014.