El programa de doctorado en Química Teórica y Modelización Computacional tiene como objetivo formar expertos en el uso de la modelización computacional molecular, una herramienta clave en áreas como bioquímica, nuevos materiales, química y nanociencia. Este programa interuniversitario fomenta la colaboración docente e investigadora, el intercambio de estudiantes y la exploración de diversas líneas de investigación. Además, cuenta con grupos de investigación de prestigio internacional y recibió la mención hacia la excelencia en 2011.