Resumen
The invention relates to a method for the prognosis and/or the differential diagnosis of patients with Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) comprising the following steps: a) simultaneously determining the levels of expression of the isoforms TCFL5 and CHA of the gene TCFL5 in an isolated biological sample from said patient; and b) comparing the levels of expression of TCFL5/CHA in the sample from the patient with reference values, wherein a reduction in the values of the sample from the patient relative to the reference values is indicative of high risk ALL, wherein preferably said reference samples correspond to one or more samples from patients with ALL or to established lines of ALL. Also provided is a kit for carrying out the method. The invention also relates to a method for the differential diagnosis, the classification or stratification of the patients based on said prognosis; a treatment method; and a method for monitoring the progression of the disease and/or effectiveness of the treatment in patients with ALL.
Reivindicaciones
REIVINDICACIONES Método pronóstico y/o para el diagnóstico diferencial de pacientes con leucemia linfoblástica aguda (LLA) que comprende las siguientes etapas: a. determinar de manera específica y simultánea los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA del gen TCFL5 en una muestra biológica aislada de dicho paciente; y b. comparar los niveles de expresión de TCFL5/CHA en la muestra del paciente con valores de referencia, donde una reducción en los valores de la muestra del paciente respecto a los valores de referencia es indicativa de LLA de alto riesgo, y donde el término isoforma TCFL5 se refiere a las isoformas TCFL5R y TCFL5R4b. El método según la reivindicación 1 , donde dichas muestras de referencia corresponden a una o más muestras de pacientes con LLA o a líneas establecidas de LLA. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, donde los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA se determinan a nivel de RNA mensajero (RNAm). El método según la reivindicación 3, donde los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA se determinan mediante RT-PCR cuantitativa. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde la determinación de los niveles de expresión de dichas isoformas se efectúa mediante el uso de un par de cebadores seleccionados del grupo que consiste en: a) un cebador que híbrida específicamente con una secuencia comprendida en el exón E3 y un cebador que híbrida con una secuencia comprendida en el exón E8; b) un cebador que híbrida específicamente con una secuencia comprendida en el exón E5 y un cebador que híbrida con una secuencia comprendida en el exón E8; c) un par de cebadores donde ambos hibridan específicamente con una secuencia comprendida en el exón E8. El método según la reivindicación 5, donde dicho par de cebadores es seleccionado del grupo que consiste en las secuencias SEQ ID NO: 45 a SEQ ID NO: 62 y SEQ ID NO: 73 a SEQ ID NO: 74; y secuencias idénticas a cualquiera de las mismas en al menos un 85%. 7. El método según cualquiera de las reivindicaciones 5 o 6, donde dicho par de cebadores es seleccionado del grupo que consiste en los siguientes pares de cebadores: - SEQ ID NO: 45 y SEQ ID NO: 46; - SEQ ID NO:47 y SEQ ID NO:48; - SEQ ID NO:49 y SEQ ID NO:50; - SEQ ID NO:51 y SEQ ID NO:52; - SEQ ID NO:53 y SEQ ID NO:54, - SEQ ID NO:55 y SEQ ID NO:56; - SEQ ID NO:57 y SEQ ID NO:58; - SEQ ID NO:59 y SEQ ID NO:60; - SEQ ID NO:61 y SEQ ID NO:62; - SEQ ID NO:73 y SEQ ID NO:74; y secuencias idénticas a cualquiera de las mismas en al menos un 85%. 8. El método según cualquiera de las reivindicaciones 5 a 7, donde dicho par de cebadores consiste en las secuencias SEQ ID NO: 45 y SEQ ID NO: 46; y secuencias idénticas a cualquiera de las mismas en al menos un 85%. 9. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, donde los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA se determinan a nivel proteico. 10. El método según la reivindicación 9, donde los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA se determinan mediante un inmunoensayo. 1 1. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, donde dicha muestra biológica es una muestra aislada de médula ósea, de sangre periférica o de líquido cefalorraquídeo. 12. El método según la reivindicación 1 1 , donde dicha muestra consiste en células mononucleares aisladas. 13. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 1 o 12, donde dicha muestra ha sido obtenida en el momento del diagnóstico. 14. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, donde dicha leucemia linfoblástica aguda es una leucemia linfoblástica aguda de células B (LLA-B) o una leucemia linfoblástica aguda de células T (LLA-T). 15. El método según la reivindicación 14, donde dicha leucemia linfoblástica aguda es LLA-B. 16. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, donde dichos pacientes tienen menos de 20 años. 17. El método según la reivindicación 16, donde dichos pacientes tienen entre 0 y 15 años. 18. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, donde dicho método comprende además la detección o cuantificación de uno o más marcadores genéticos asociados a LLA de alto riesgo. 19. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 18, donde dicho método comprende además la determinación de la presencia de una o más de las translocaciones seleccionadas del grupo que consiste en t(12;21), t(1 ; 19), t(9;22) y t(4; 1 1), Hipodiploidía <44 cromosomas o índice DNA <0,81. 20. Un método para la determinación del tratamiento más adecuado para un paciente de LLA que comprende el pronóstico y/o diagnóstico diferencial según el método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 19. 21. Método para la monitorización de la progresión de la enfermedad y/o eficacia del tratamiento en pacientes con LLA que comprende las siguientes etapas: a. determinar de manera específica y simultánea los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA del gen TCFL5 en una muestra biológica aislada de dicho paciente; y b. comparar los niveles de expresión de TCFL5/CHA en la muestra del paciente con valores de referencia, donde una reducción en los valores de la muestra del paciente respecto a los valores de referencia es indicativo de recaída; y donde el término isoforma TCFL5 se refiere a las isoformas TCFL5R y TCFL5R4b. 22. El método según la reivindicación 21 , donde dichas muestras de referencia corresponden a una o más muestras de pacientes con LLA o a líneas establecidas de LLA. 23. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 22, donde dicho método comprende además almacenar los resultados de dicho método en un dispositivo de almacenamiento de datos. 24. Programa informático que comprende las etapas del método definido en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 22. 25. Un kit para el pronóstico, diagnóstico diferencial y/o monitorización de pacientes con LLA que comprende: a. un par de cebadores seleccionados del grupo que consiste en las secuencias SEQ ID NO: 45 a SEQ ID NO: 62 y SEQ ID NO: 73 a SEQ ID NO: 74; y secuencias idénticas a cualquiera de las mismas en al menos un 85%; y b. opcionalmente, instrucciones para el uso de dicho par de cebadores para la determinación de los niveles de expresión de dichas isoformas en una muestra biológica aislada de dicho paciente. 26. El kit de acuerdo con la reivindicación 25, donde dicho kit comprende además una DNA polimerasa, un tampón para mantener el pH entre 8 y 9, magnesio, deoxinucleótidos (dNTPs) y reactivos para llevar a cabo la cuantificación de los productos amplificados. 27. El kit de acuerdo con la reivindicación 26, donde dichos reactivos para llevar a cabo la cuantificación de los productos amplificados son moléculas fluorescentes de intercalado de ADN de doble cadena. 28. Uso de un kit para el pronóstico, diagnóstico diferencial y/o monitorización de pacientes con LLA en un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 22, donde dicho kit comprende: a. un reactivo para determinar de manera específica y simultánea los niveles de expresión de las isoformas TCFL5 y CHA del gen TCFL5; y b. opcionalmente, instrucciones para el uso de dicho reactivo para la determinación de los niveles de expresión de dichas isoformas en una muestra biológica aislada de dicho paciente; donde el término isoforma TCFL5 se refiere a las isoformas TCFL5R y TCFL5R4b. 29. Uso de un kit de acuerdo con la reivindicación 28, donde dicho kit se define de acuerdo con las reivindicaciones 25 a 27. 30. Un polinucleótido que consiste en una secuencia nucleotídica seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 45 a SEQ ID NO: 62 y SEQ ID NO: 73 a SEQ ID NO: 74; y secuencias idénticas a cualquiera de las mismas en al menos un 85%.
